关于协议只有签字没有盖章是否有效，需视具体情况而定。如果合同是以口头形式订立并且无需签名，那么即使没有盖章也是有效的。然而，如果合同是以合同书形式订立，那么就必须签名、盖章或按指印。未满足这些条件可能会影响合同的法律效力和可执行性。根据《民法典》的相关规定，合同书形式的合同在签名、盖章或按指印之后才算成立。
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对于只有签字没盖章的合同，推荐的处理方式是补充盖章或通过其他方式证明双方的意思表示一致。具体的处理方式要根据合同的重要性和实际情况来决定。对于重要的合同，建议尽快补充盖章以确保其法律效力。对于口头合同或者已经实际履行的合同，可以通过证据证明双方的意思表示一致来确认合同的效力。