有影响，需谨慎对待并明确法律权益。

从法律角度看，将中药制剂证书用于二类医疗器械备案涉及知识产权的许可和授权。若不明确权益分配和责任界限，可能会导致您的知识产权被滥用，或面临因产品质量等问题而引发的法律责任。若您发现公司未经允许使用您的证书，或您的权益受到损害，应及时寻求法律帮助。

当您的证书被非法使用，或您因产品质量问题被追究法律责任时，表明问题已比较严重，应及时咨询专业人士。
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从法律角度，针对此问题在不同情况下的处理方式具体操作如下：

1. 若决定授权公司使用您的中药制剂证书，应与公司签订详细的授权协议。协议中应明确授权范围、使用期限、费用分配方式、违约责任等关键条款，并确保双方对协议内容充分理解并达成一致。
2. 在签订协议前，可聘请专业律师对协议内容进行审核和修改，以降低潜在的法律风险。律师会提供专业的法律意见，确保协议内容合法、有效。
3. 若在使用过程中出现纠纷或您的权益受到损害，应及时与公司协商解决。若协商无果，可寻求法律途径解决争议，包括向法院提起诉讼或申请仲裁等。在此过程中，应保留相关证据，如协议文本、交易记录、沟通记录等，以证明自身权益和主张。

请注意，以上建议仅供参考，具体操作还需根据实际情况进行灵活调整。