员工有权拒绝公司擅自修改规章制度。依据《劳动合同法》，规章制度变更需与劳动者协商，公司不得擅自变更，否则可能损害员工权益，造成劳动关系紧张。
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员工可拒绝。具体操作：1.收到规章修改通知后，及时与公司沟通，表明拒绝态度并说明理由；2.若公司坚持，可要求签订补充协议或书面确认，保护自身权益；3.协商不成，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，依据《劳动合同法》维权。
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常见处理方式为协商或申请劳动仲裁。应先与公司协商，表达个人意见；若协商无果，可考虑向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自身合法权益。