两家土地确权可以分开。应该由承包方对承包地分割达成一致意见后，准备好相关土地的承包经营权证，向发包方提出申请，由发包方报经县乡农村土地承包管理部门审核同意后，分别与分立后的农户重新签订承包合同，县级农村土地承包管理部门依法办理变更登记。
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划拨土地？这种土地及其上的房产如果要过户，是需要补地价的。另外，是否土地使用权证需要区分这个不重要，有房产证即可